Luego de sus actuaciones en el campeonato chileno y en la Copa Sudamericana, el Villarreal se hizo con sus servicios por 6 millones de euros, transferencia que se concretó con la partida de Fernández a España el 28 de diciembre de 2006, Fernández iba con la obligación de reemplazar al lesionado Robert Pires, lo habría pedido su compatriota el D.T Manuel Pellegrini para que llegara al conjunto del «Submarino».
