Müller comenzó la temporada 2013-14 anotando en siete de los 12 partidos de la pretemporada del Bayern. El 5 de agosto, Müller marcó un triplete con el cual el Bayern ganó 5-0 en la primera ronda de la DFB-Pokal contra el BSV Schwarz-Weiß Rehden. En dos años se habían superado los récords del club por partida doble: récord de puntos (55); Arouna Kone, jugador con más goles en la Primera División de España (17 goles -15 en liga y 2 en Copa-), segunda equipacion barça 2023 y por primera vez el club disputaría tres años seguidos la Primera División de España.
