El incidente más destacado se vivió en El Plantío entre un partido del filial burgalés con el CD Mirandés, durante el mismo, un grupo de aficionados burgaleses llenaron el feudo local de humo al quemar un producto químico no identificado. En el verano de 2016, el club decide no inscribir al equipo filial en la Primera División Regional Aficionados, por el poco provecho que saca la primera plantilla del equipo filial y viendo los gastos que acarrea, lo hace desaparecer.
