En la temporada 1998/99, con Vicente González Villamil en el banquillo, el equipo comienza dubitativo y de nuevo Félix Arnáiz Lucas se hace cargo del equipo desde la jornada 9. El equipo mejora ostensiblemente y acaba 4º, jugando finalmente la fase de ascenso a Segunda División, consistente en una liguilla con otros tres equipos más. El 10 de enero de 2015, Santa Cruz debutó para Cruz Azul en la temporada 2014-15 de la Liga MX en una victoria por 1-0 contra Pachuca, siendo sustituido fuera del campo después de 82 minutos.
