El equipo tuvo varios entrenadores, y no se consiguieron buenos resultados hasta que estuvo matemáticamente descendido. Esto implica que en el mercado invernal dejen la entidad varios jugadores. En el regreso del equipo a Primera se consiguió la permanencia. Juan Manuel Lillo fue el encargado de dirigir al equipo otra vez hasta la Primera división. A punto se estuvo de lograr ascender en la campaña siguiente, la 99/00, pero el equipo desperdició una gran renta de puntos y acabó 4.º clasificado.
